EPUB2では、目次にNCXという形式のファイルを使っていました。NCXはDAISY Consortiumによって標準化されたANSI/NISO Z39.86-2005, Specifications for the Digital Talking Bookという仕様の一部です[1]。
EPUB3では、NAV形式のXHTMLファイルを目次に使うことになっており、NCX形式の目次をEPUB2のリーダのために含めておいても良いことになっています[2]。
したがって、EPUB3リーダ専用のEPUBであればNCXを含む必要はありません。そこで、最近アップデートされたEPUB3リーダを対象として、NCXとNAV形式の両方の目次をもつEPUB3とNAV形式の目次のみ（NCXを含んでいない）もつEPUB3を作って、目次が表示されるかどうかについて比較してみました。
結果は次の表のとおりです。
(1) iBooks3.0、Kobo、ReadiumはNAVの目次を表示します。NCXの目次は必要としません。
(2) Adobe Digital Editions 2.0は、NCXの目次がないと目次が表示されないようです。
(3) なお、KindleのKF8形式については、「Kindle Publishing Guide」ではNCXが必須とされており、HTML形式の目次も必要とされています。実際の結果は後述の「Paperwhiteでの確認結果」をご覧ください(11/25追記）。
ということで、まだNCXを全廃というわけにはいかないようです。
表１ NCXとNAVの両方を含むEPUBと、NAVしか含まないEPUBの目次はどうなるか？
| NCXとNAV | NAVのみ | ||
|---|---|---|---|
| Readium 0.5 | 表示する | 表示する | |
| Adobe Digital Editions 2.0 | 表示する | 表示しない | |
| iBooks 3.0 | 表示する | 表示する | |
| Kobo 2.1.4 | 表示する | 表示する | |
| Kindle 2.71 | NCXは必須と説明されている | XHTMLの目次が必要とされている |
表示する：目次が表示されるという意味。
表示しない：目次が表示されないという意味。
●Kindle Paperwhiteでの確認結果
１．NAVのみでNCXが存在しないEPUB3をKindleGen(2.7)でmobiに変換すると、「移動」メニュー「表紙」と「最後のページ」の間にグレー（無効）の「目次」が表示されます。NAVの内容は無視されているようです。
２．NAVとNCXと両方が存在するEPUB3をKindleGen(2.7)でmobiに変換すると、「移動」メニューの「表紙」と「最後のページ」の間に目次項目が表示されます。
３．１．と２．からKindle Paperwhiteは、NCXの内容を「移動」の目次項目として表示していることがわかります。
４．HTMLの目次[3]は、「表紙」の次の単独ページに表示されます。さらにHTMLの目次ページをガイドに登録すると「移動」の目次としても使われます。（ガイドの内容が「移動」の目次に表示されるのであれば、HTML形式の目次を用意した場合、NCXの目次は不要なのかもしれません。）
図１ HTML目次
図２ 移動メニュー （頁の上部にポップアップ）
図３ 「移動」メニューの内容
[1] Open Packaging Format (OPF) 2.0.1 v1.0.1 Recommended Specification September 4, 2010
[2] EPUB Content Documents 3.0 Recommended Specification 11 October 2011
EPUB Navigation Documents
[3] CAS-UBのKindle生成メニューでは、EPUB3のNAV.htmlにスタイルシートを設定して、HTML形式の目次として作成し、先頭ページに登録します。